全麦高筋粉和全麦粉的主要区别在于它们的加工方式和蛋白质含量。全麦粉是由整个麦粒研磨而成，包括麸皮、胚芽和胚乳，因此保留了丰富的膳食纤维、维生素和矿物质。而全麦高筋粉则是在全麦粉的基础上，通过特殊的加工工艺提高了面粉的筋度，使其更接近于高筋面粉的质地。
全麦高筋粉的蛋白质含量通常比普通全麦粉更高，这使得它在制作面包、披萨等需要较高筋性的食品时表现出更好的延展性和弹性。此外，全麦高筋粉的加工过程中可能会加入一些添加剂，如淀粉酶、蛋白酶等，以改善面粉的加工性能和烘焙品质。
然而，需要注意的是，全麦高筋粉虽然口感和质地更接近于高筋面粉，但其营养价值仍然不如普通全麦粉丰富。因此，在选择面粉时，应根据具体的烹饪需求和健康考虑来决定使用哪种面粉。