纳豆的制作有着非常严格的讲究，这主要源于纳豆菌（Bacillus subtilis natto）的生长特性和对环境的敏感性。纳豆菌要在特定的、厌氧且温度适宜的环境下才能有效发酵，产生纳豆激酶等活性物质。如果使用碎豆子，虽然可能增加了豆子与发酵液的接触面积，看似能加速发酵，但实际上可能带来一系列负面影响。
首先，碎豆子的粉末容易混入发酵液，导致发酵液过于浑浊，这不仅不利于观察发酵进程，还可能为杂菌滋生提供便利，影响纳豆的质量和安全性。其次，过细的粉末在搅拌和发酵过程中容易结块，形成局部缺氧区域，不利于纳豆菌的均匀生长，可能导致发酵不彻底或产生不良风味。
此外，纳豆制作的精髓在于保持原料的完整性和自然的发酵过程。使用整粒豆子可以更好地保持豆子的结构和营养，使纳豆成品具有独特的质地和口感。整粒豆子在发酵过程中逐渐软化，同时释放出营养成分，为纳豆菌提供充足的养料，从而保证发酵的彻底性和产物的品质。
因此，尽管碎豆子可能从表面积的角度看似乎能提高效率，但在实际操作中，使用整粒豆子是更为传统和科学的做法，也是保证纳豆制作成功的关键。