骁龙6s Gen3和麒麟的强弱取决于具体型号和应用场景。一般来说，骁龙6s Gen3是高通的最新一代入门级芯片，采用了更先进的制程工艺和架构设计，性能上相比麒麟9000系列要弱一些。骁龙6s Gen3在CPU和GPU性能上都有一定提升，但整体表现仍然较为平庸，主要面向中低端市场。
麒麟系列芯片，尤其是麒麟9000系列，采用了更先进的制程工艺和更高的性能设计，性能上要强于骁龙6s Gen3。麒麟9000系列在CPU和GPU性能上都有显著提升，同时还支持更先进的5G网络技术，适合中高端市场。
总的来说，如果追求更高的性能和更好的用户体验，麒麟9000系列要优于骁龙6s Gen3。但如果预算有限，需要一款性价比高的入门级芯片，骁龙6s Gen3也是一个不错的选择。