我们小时候玩的拳皇都有精彩的主线剧情，其中最为人所熟知的就是大蛇剧情。按照目前的《拳皇》14部作品来分，剧情主要分为三个篇章。
第一个篇章是大蛇篇，主要在《拳皇94》、《拳皇95》、《拳皇96》和《拳皇97》这四部作品中展开。
在《拳皇94》中，世界各地的格斗家都收到了一封神秘的拳皇大赛邀请函。草薙京、红丸和大门五郎代表日本参加这场比赛。他们在比赛中遭遇了很多高手，最后却发现邀请人是卢卡尔。卢卡尔是一个武术高手，且有个怪癖，那就是会将手下败将制作成雕像收藏。草薙京的父亲草薙柴舟已被卢卡尔打败，但草薙京不知情并成功战胜了卢卡尔。卢卡尔引爆航母以泄愤，尽管拳皇大赛场地被，但格斗家们全部生还。
接下来是《拳皇95》，卢卡尔为了复仇，再次发送拳皇大赛邀请函。这次，队因不敌八神庵而失去邀请函，八神庵与比利和如月组成一队参赛。三人的联合组队源于各自的和立场。剧情中还有关于草薙柴舟与卢卡尔之间的纠葛，以及薇丝对草薙柴舟的怨恨。草薙京战胜了自己的父亲，卢卡尔爆发大蛇之血亲自战斗，但也被草薙京和八神庵击败。
《拳皇96》的拳皇大赛由神乐一族举办。神乐千鹤为了寻找传说中的三神器家族后裔而举办这场比赛。草薙京再次参赛，但在赛前被高尼茨秒杀，受到打击后重新开始训练。最终，在比赛中揭露了三神器的真相，并描述了神乐千鹤、草薙京和八神庵之间的纠葛和战斗。高尼茨是大蛇四天王之首，他的出现引发了新的冲突和战斗，最后草薙京成功打败了他。
在《拳皇97》中，大蛇三人组为了复活大蛇参加拳皇大赛。山崎龙二等拥有大蛇之血的人也成为剧情重要角色。最终揭示了大蛇的存在和三神器家族的命运。大蛇企图复活并通过八神庵等人来实现其目标，但最终被三神器家族所封印。过后开启了Nests篇的剧情序幕。
Nests篇是《拳皇》系列的第二部分重要篇章。《拳皇》系列如《拳皇99》、《拳皇2000》和《拳皇2001》等作品属于此篇章的重要作品。《拳皇》系列的玩家们一定都对Nests篇中充满与战斗的剧情印象深刻。这一篇章围绕着Nests与世界各地格斗家的对抗展开剧情冲突不断。各种角色间的恩怨纠葛和背景故事交织在一起构成了Nests篇的精彩纷呈的剧情世界。随着剧情的发展玩家们将逐渐揭开隐藏在背后的真相和并见证格斗家们的成长与蜕变。（待续）
