桥本氏甲状腺炎的病理过程主要是通过相关免疫细胞和抗体介导免疫应答，进而自身甲状腺细胞。主要的抗体包括甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）及甲状腺球蛋白抗体（TgAb）。研究表明，桥本患者有95%的TPOAb偏高，60%的TgAb偏高。随着病情的发展，甲状腺素检测值一般会呈现TSH偏高，而T3和T4偏低。
桥本患者的自身免疫系统不断攻击甲状腺细胞，最终导致甲状腺受损和甲状腺功能减退的相关病征。临治疗桥本甲状腺炎主要以甲状腺素替代物左旋甲状腺素为主，旨在改善甲状腺功能和减少因甲减导致的甲状腺功能减退的相关病征。
在桥本氏甲状腺炎与Graves病的关系方面，虽然桥本患者主要症状为甲减，但也可能出现甲亢病征。这一现象的部分原因是与Graves病同时发生。当桥本患者的TRAb自抗体也呈阳性时，表明Graves病可能同时存在。在，临可能会称之为桥本甲亢，但这其实并不准确。
实际上，桥本甲亢患者可能是从桥本甲状腺炎进而发展为Graves病导致甲亢。TPOAb和TgAb虽然是桥本的标志性抗体，但在单纯Graves病甲亢患者中，其阳性率也高达70%，因此仅通过TPOAb及TgAb阳性难以确诊桥本甲亢。桥本患者中亦有10%到20%的TRAb阳性，因此TRAb阳性也不能排除桥本。
对于桥本氏甲状腺炎的诊断，需要经验丰富的医生进行。值得注意的是，AITD中的桥本和Graves可能代表了相同疾病谱的两个方面。AITD的公认发病机制是易感基因加上环境因素。首先出现的问题是免疫系统失衡，导致身体炎症，表现为自抗体阳性；其次是甲状腺功能减退或，这是由于免疫系统介导的不同细胞的炎症造成甲状腺不同细胞的损伤。当AITD的自抗体如TPOAb、TgAb和TRAb等同时出现时，究竟是甲亢还是甲减，可能取决于哪些细胞的损伤更严重。
除了上述关于病情的探讨，饮食对桥本病情的影响也备受关注。研究发现，桥本患者的肠道菌群与健康人群存在差异，且这种差异在患者之间具有相似性，并与临床病征存在相关性。饮食影响肠道环境，进而可能影响到甲状腺功能。
豆制品中的生物类黄酮可能影响甲状腺替代物的吸收。一项临床试验发现，连续一个月服用异黄酮的桥本患者，其T4和Ft4增加，TSH减少，自免疫系统自抗体TPOAb和TgAb减少。十字花类菜含有致甲状腺肿物，可能影响甲状腺素的产生。但功能医学医生普遍认为十字花类菜对桥本甲状腺炎不构成问题。关于肉和奶类饮食的研究发现，地中海饮食可能对AITD有保护作用。而无麸质饮食可能对改善女性AITD患者的某些指标具有临好处。关于人工甜味剂、低碳水饮食等的研究也在进行中。
总结来说，桥本氏甲状腺炎是先自免疫系统失衡，导致炎症引发甲状腺细胞受损，进而引发甲减。当与AITD的Graves病同时出现时，也可能出现甲亢病征。关于饮食改善桥本病的研究众多，但尚未得出哪一种饮食方式最有效的明确证据。改善桥本病征的饮食调整，首要在于减少炎症并优化肠道微生物环境。除了遵循无麸质饮食和AIP饮食外，还有一些特定的饮食策略可能对桥本病征有帮助。
应避免摄入人工合成甜味剂，因为它们可能导致肠道菌群失衡，不利于桥本病的康复。增加蔬菜摄入量，减少动物来源食物，这可能有助于改善桥本病的症状。减少精制碳水化合物的摄入，增加蔬菜的摄入量，看来对改善桥本病的效果也不错。
除此之外，一些特定的食物和营养素可能对桥本病有影响。例如，某些黄酮类化合物可能抑制甲状腺过氧化物酶活性，影响甲状腺功能。而十字花科蔬菜中的某些成分可能干扰甲状腺健康。也有研究显示，摄入特定类型的蔬菜如西兰花苗等，可能对甲状腺功能和自身免疫状态产生积极影响。饮食中的某些习惯如过度摄入甜食也可能影响甲状腺健康。保持均衡的饮食结构对改善桥本病征至关重要。
针对桥本病征的饮食调整还包括调整饮食习惯和类型。例如，采用低碳水化合物饮食疗法可能对改善自身免疫性甲状腺炎的症状有帮助。一些研究表明，遵循特定的饮食模式如原始饮食或自身免疫饮食协议可能对改善自身免疫性疾病的症状有益。这些饮食模式通常强调天然食物和避免过敏原或炎症食品。改善桥本病征的饮食调整应该基于个体的营养需求和健康状况量身定制。在采取任何饮食改变之前，最好咨询医生或营养师的建议。
