在遗传信息流转的领域中，过去人们普遍认为RNA的主要功能是传递DNA的信息至蛋白质。随着基因组学研究的深入，科学家们有了新的发现。他们发现，并非所有DNA都会被转录成RNA，也并非所有RNA都能顺利地翻译成蛋白质。
在哺乳动物的基因组中，存在着大量的长链非编码RNA（lncRNAs），但我们对这些RNA的具体作用仍知之甚少。近期，一个由日本理化研究所领导的国际团队开发出了一种名为RADICAL-seq的新技术，这项技术被用来深入研究lncRNA的作用。
该技术能够对每一个RNA分子进行精准定位，特别是在RNA与特定基因组区域发生交互作用时。所收集的数据不仅能揭示染色质的组成与调控机制，同时也能揭示lncRNAs的具体功能。这一重要研究成果已经发表在《自然·通讯》杂志上。
内的细胞虽然拥有相同的DNA遗传信息，但不同类型的细胞却拥有各自独特的活跃基因，进而产生不同的蛋白质。RNA在此过程中扮演着决定基因活性的关键角色。尤其是lncRNA，它能够与特定的染色质区域相互作用，改变染色质的构型，从而影响基因的活性。为了更好地理解RNA的调控潜力，明确特定的RNA与哪些染色质区域相互作用显得尤为重要。
虽然过去有一些技术可以描绘RNA与染色质相互作用的图谱，但这些方法往往存在局限性，如可能遗漏某些相互作用、需要大量的样本输入材料，甚至可能细胞核结构。为了克服这些限制，研究团队开发了RADICAL-seq技术。
RADICAL-seq技术的核心原理如下：首先通过甲醛交联细胞核中的RNA及其附近的蛋白质；接着用特定的蛋白质打断DNA；再利用RNase H处理降低核糖体RNA的含量以提高结果的准确性；然后使用具有单链和双链末端的桥接接头分子连接近端的DNA和RNA；最后解交联后将RNA-接头-DNA嵌转化为双链DNA进行测序，从而得到连接的RNA和DNA序列。
相比其他现有方法，RADICAL-seq技术能够更精确地描绘出RNA与染色质的相互作用。其高分辨率的特性使得研究人员不仅能够研究染色质与lncRNA的相互作用，还能研究编码RNA，包括那些远离转录位点的RNA。研究证实了lncRNA能够在远距离上调控基因的表达。这项技术同样适用于研究细胞类型特异性RNA与染色质的相互作用。