部门自负盈亏模式确实可能带来多方面的好处，但也伴随着不容忽视的挑战。从积极方面看，这种模式能够极大地激发各部门的主动性、创造性和责任感。由于部门需要独立承担经营成果，无论是利润还是亏损，这会促使管理者更加精细化地核算成本、优化资源配置、积极开拓市场，从而提升运营效率和盈利能力。明确的业绩指标和自主的经营决策权，有助于形成更灵活、更具市场竞争力的组织单元，打破大企业病中常见的部门壁垒和资源浪费现象。同时，这也为员工的绩效评估和激励机制提供了更直接的依据，有助于吸引和留住优秀人才。
然而，不能忽视其潜在的负面影响。过度的追求利润可能会导致部门本位主义盛行，忽视跨部门协作和整体公司战略目标的协同。为了达成盈亏平衡，部门可能会采取短期行为，比如削减必要的研究开发投入、牺牲客户服务体验或压低内部合作成本，这长远来看可能损害公司的核心竞争力。此外，实施自负盈亏对部门的管理能力、市场判断能力以及风险控制能力提出了极高要求，如果准备不足或监控不当，可能会引发经营风险，甚至导致个别部门经营失败而影响整个组织的稳定。
因此，是否推行部门自负盈亏，需要企业根据自身的规模、行业特点、管理水平以及战略需求进行审慎评估，并设计合理的配套机制，如建立有效的监督体系、促进跨部门合作的文化、以及公平合理的资源分配原则等，以扬长避短，确保模式能够真正促进整体发展，而不是仅仅带来表面的“好处”。