酵母菌的呼吸方式并非单一固定的，它具有一种特殊的代谢灵活性，能够根据环境条件在无氧和有氧呼吸之间进行切换。在氧气充足的情况下，酵母菌会进行有氧呼吸。有氧呼吸是一种高效能量产生方式，通过将葡萄糖等有机物与氧气反应，彻底氧化分解有机物，产生大量的ATP（三磷酸腺苷），同时生成二氧化碳和水作为副产物。这个过程释放的能量远高于无氧呼吸，能够满足酵母菌在良好生长环境下的能量需求。
然而，当氧气供应不足时，酵母菌会转而进行无氧呼吸，也称为酒精发酵。在无氧条件下，酵母菌通过糖酵解途径将葡萄糖分解成丙酮酸，随后将丙酮酸转化为乙醛，最后乙醛被还原成乙醇。这个过程虽然产生的ATP数量远少于有氧呼吸，但至少能够为酵母菌提供部分能量，使其在不利条件下得以生存和繁殖。酒精发酵过程中产生的乙醇和其他副产物，也是酵母菌在食品工业中广泛应用的重要原因。
综上所述，酵母菌的呼吸方式具有适应性，既能进行有氧呼吸，也能进行无氧呼吸，这种代谢灵活性使得酵母菌能够在多种环境中生存和繁殖。