旧版《还珠格格》分为三部，并在后期更换了演员，而新版《还珠格格》则是一部包含全部剧情的剧集。
在人物角色方面，新版增加了班杰明和五阿哥的亲亲愉妃娘娘等新人。班杰明是宫中的洋人画师，擅长拉小提琴和制作意大利面与巧克力，为剧集带来了许多欢乐元素。他尽管喜欢小燕子，但并无不良企图，始终默默地陪伴在她身边。
关于永琪的角色设定，旧版中他娶了小燕子和知画，在知画生孩子时，他的表现让人质疑他对小燕子的感情，甚至有些渣男之嫌。在新版中，永琪是在母妃愉妃娘娘的坚持下才娶了欣荣。婚后，他依然对小燕子保持着初心。在大逃亡结束后，他暂时与小燕子分别，让她带着两年之约与萧剑晴儿前往大理。永琪则留在皇宫为愉妃娘娘和欣荣留下后代，完成任务后，他迅速赴约与小燕子重逢。
在旧版中，晴儿的出场次数不多，她与箫剑的感情线也没有得到充分展开。而新版中则增加了晴儿的戏份，她在乾隆微服私访时与小燕子、紫薇相伴，并加入了集体大逃亡的队伍。箫剑和晴儿的感情线也得以展现，他们的CP组合备受喜爱。
旧版中的某些情节在新版中得到了调整或删除。例如，小燕子因负气离开皇宫而陷入翰轩棋社以及逃亡期间紫薇失明的情节在新版中被删除，使得剧情更加流畅和紧凑。
旧版中金锁对尔康的感情线也备受争议。而在新版中，金锁不再对尔康有所倾心，而是全心全意地照顾紫薇，最终与柳青共度幸福生活。这样的改编使得剧情更加合理和引人入胜。
