左宗棠在平定捻军后受到两宫太后的召见，谈及陕甘回乱时，慈禧太后询问恢复秩序需要多长时间。左宗棠略加思索后表示需要大约五年的时间。对此，慈禧太后有些不解，认为正在逐步恢复，两年内或三年内或许可以解决问题。然而左宗棠强调，由于民乱已经持续了一段时间，短时间内难以彻底平定。他在1868年抵达西安，正式开启平定陕甘回乱的征程，最终在1873年在宿州战胜最后一支军，与之前的估计仅有两周的误差。
十九世纪六七十年代，阿古柏入侵南疆部分城池，俄国也趁机侵占伊犁，引发京师热议。李鸿章主张重视海防，认为新疆的得失不会危及京师安全。然而左宗棠坚决反对这种看法，他认为新疆与海洋防御同等重要，缺一不可。最终决定派遣左宗棠以钦差大臣的身份督办新疆事务。面对此决定，李鸿章持怀疑态度并散布失败论调。然而左宗棠率领湘军十万，以年过六旬的高龄，成功地驱逐了阿古柏的入侵者。他严格军纪，严禁杀掠，并采用“缓进急战”的战术方针一举清除阿古柏在新疆的老巢，逼使其兵败。
左宗棠成功收复新疆后回到拜见皇太后。由于慈禧身体不适，由慈安主持召见。慈安对左宗棠的艰苦经历表示深切关怀，并对他为做出的贡献表示感激。谈到动情处左宗棠泪水涟涟。虽然他的眼睛不好被风沙刺激摘下墨镜时镜片破碎但他得到了慈安太后的理解和关怀换得了咸丰墨镜一枚当得知慈安突然离世消息时左宗棠对此异常愤慨认为这是不合情理的事并表示对此事怀疑他在宫廷内直言不讳的行为虽引起慈禧不满但恭亲王努力安抚他并劝他谨慎言辞然而不久之后他被调离宫廷中心他的行为举止已经引起了慈禧的注意和不满最终他被边缘化至地方任职结束了他不适合宫廷生活的生涯。
