在大流行病的第一年中，研究人员观察到SARS-CoV-2病毒随着其在全球的广泛传播而不断发生变异。病毒的持续变异是预料之中的事情。事实上，病毒的基因组变化在人与人之间是如此显著，科学家们能够详细地追踪传播链。
最初，科学家们观察到的SARS-CoV-2变异大多相对温和，似乎没有任何一种特定变体的表现优于其他变体。到2020年底，一种新的SARS-CoV-2变体在英国开始占据主导地位。这一变体最初被称为B.1.1.7（也被非正式地称为英国或Kent变体）。该变体的快速传播表明某些突变产生了明显的优势。从那时起，科学家们已经能够确定该变体特有的基因组特征，并识别出具有类似特征的其他病毒系列。
世界卫生注意到使用地理名称来标记病毒变种的“污名化”性质，因此引入了一个基于希腊字母的通用命名系统。出于研究目的，科学家们仍建议使用科学名称，但媒体机构则采用这些新的、中立的标签。
如果新的病毒变体不断出现，那么它们何时才能获得一个正式的标签呢？世卫的病毒进化技术咨询小组为新型SARS-CoV-2变种建立了三级分类体系：警报、关注变异株（VOI）和关切变异株（VOC）。科学家们已经能够迅速识别出哪些基因组突变可能显著改变SARS-CoV-2的严重性或传播性。这些特性可能导致新型变体的出现被标记为“警报”。一旦病毒的基因变化影响了其特性并且有迹象显示其可能构成未来风险，但这些影响尚待确认的证据不足时，世卫会将其划入这一类进行持续监测和评估。目前已有多种SARS-CoV-2变体被列为需要进一步监测的警报。而关注变异株（VOI）则是已经被检测到了一些可能影响病毒特性的遗传变化并且引发了几个重要社区集群的病毒变种。这些变种被赋予希腊字母标签。而关切变异株（VOC）则是已经证明在毒力或疾病严重性方面有明显增长的变种。至今已经有几个正式认定的VOC病毒出现。其判定主要基于传播性的增强以及是否有证据显示其能够抵抗现有的治疗方法等。尽管目前大多数地区普遍接受世卫的标签体系，但某些地区也有自己的变种分类标准，例如疾病控制和预防中心（CDC）也有自己的VOI和VOC分类体系以及更高的分类层次——严重后果变体（VOHC）。当前并没有任何SARS-CoV-2变体被纳入此分类范围之中。近期世卫刚刚将Lambda等几种变种纳入关注变异株的行列之中，此前该变种已在秘鲁展现出显著传播趋势后才获得相关认定和重视。
