B站Windows版和微软商店版在功能和体验上存在一些差异。首先，B站Windows版是一款独立的应用程序，需要从B站官网下载安装，而微软商店版则是通过微软官方应用商店下载安装的。其次，B站Windows版通常具有更丰富的功能，如下载视频、离线观看、弹幕同步等，而微软商店版的功能相对较少。此外，B站Windows版的界面设计更加符合B站用户的习惯，而微软商店版的界面则更符合Windows系统的风格。然而，微软商店版的优势在于其与Windows系统的集成度更高，可以更方便地与其他Windows应用程序进行交互。总的来说，选择哪个版本取决于用户的具体需求和偏好。