自古以来，自来也的实力就于大蛇丸之上。
撇开仙人模式不谈，即便是在普通状态下，自来也的实力依然胜过大蛇丸。这其中的原因，与他们在获得“三忍”称号后所选择的不同发展道路息息相关。
在得到“三忍”称号之后，自来也、纲手和大蛇丸都以提升自身能力为核心目标。在经历了一场忍界大战后，他们三人的心境都发生了变化，各自踏上了不同的发展道路。
纲手在那场忍战中遭受了巨大的打击，失去了情人和弟弟，一度陷入消沉。她重新拾起儿时的赌瘾，虽然这样的日子过得浑浑噩噩，但也让她的实力在三忍中逐渐落后。
大蛇丸则是在大战的洗礼后，回归了他一直热衷的科学研究。由于见证了太多的生死，他开始思考如何摆脱死亡的束缚，主要研究的就是长生不老的方法。这虽然在一定程度上拓宽了他的研究领域，但在战力提升方面却变得缓慢许多。
相较之下，自来也在成为三忍之后，牢记了大的嘱托，开始四处云游，寻找命运。他的经历丰富，遭遇众多，战斗不断，这使得他的战斗经验日益丰富。他比大蛇丸强也就不难理解了。