电视剧《谢谢你医生》迎来了激动人心的终章，桐山医院的医护团队再次展现了救死扶伤的崇高精神，成功救治了某早餐店发生的燃气爆炸事故中的众多伤者。
肖砚历经波折，最终做出了人生的重要抉择，她毅然返回医院投身于伤者的救治工作，同时也在等待着白术的归来。
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白术在事故现场奋不顾身地救人，却不幸身受重伤，陷入昏迷，被紧急送往医院，急需接受紧急手术。
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江仲景院长在办公室突然昏厥，经过手术动脉搭桥治疗后，终于苏醒过来。
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陆平安的努力得到了认可，成功晋升后，他与姜杉的合作更加默契无间。
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徐一然没有选择前往父亲担任院长的瑞荣医院，而是继续留在桐山医院EICU担任急诊科医生，工作间隙他总是双手插兜，以随性潇洒的姿态向大家打招呼，展现出独特的个人魅力。
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唐画依旧保持着靓丽的外表，与同事们并肩作战，共同面对各种医疗挑战。
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陈秩已经褪去了医学博士生的青涩，如今他能够在医院中独立查房、主持手术，已经成长为一名成熟的医生。
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在肖砚和白术的共同努力下，浩浩的爷爷最终同意了将亡故孙子的器官捐献出来，使得浩浩的生命得以在孙芳敏身上延续。浩浩的爸爸在经历了丧子之痛后，依然保持着冷静和理智，他对父亲那感人至深的跪拜，令人动容至深。
孙芳敏成功接受了肺移植手术，并且还顺利诞下了一个孩子。她庆幸自己“命硬”，于是录制了一段现场视频发布到网上，本意是想与网友们分享自己的喜悦，却意外引发了舆论的关注和记者的采访。
陆平安在得知这一情况后，与肖砚一起向孙芳敏阐明手术成功的偶然性，强调这种手术方式无法复制，如果网友们盲目模仿，可能会造成严重的后果甚至危及生命。
孙芳敏这才意识到自己能够活下来，确实是一个幸运的个例，她不能误导大家，她明白这远非单凭个人意志就能解决的问题。于是，她果断删除了那条视频。
陆平安向记者详细解释了事情的真相，并晓之以利害，最终平息了舆论和那些试图效仿的人，避免了不必要的医患冲突。
在完成了对孙芳敏的救助后，白术和肖砚都感到如释重负。白术开车送肖砚回家，在分别之际，他突然亲吻了肖砚，这让肖砚感到一阵慌乱，匆匆跑开了。
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白术坐在车里发信息，再次向肖砚表白，他真诚地表达了自己对她的喜欢。肖砚回复道，路上注意安全。
白术误以为肖砚接受了他的追求，次日上班时还暗自高兴，被徐一然调侃。然而，肖砚却另有打算，她准备离开这里，提前结束这次上海之行，返回瑞士洛桑大学附属医院继续工作。院长凯瑟琳已经同意了她的请求，并打来电话欢迎她随时回去。
肖砚为了避开白术，决定尽快离开。因为在她的心中，白术的出现是一个意外，她心中始终住着另一个人，无法接受白术的感情。
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白术试图挽留肖砚，总是将一些疑难杂症的患者交给肖砚帮忙，他知道肖砚心地善良、工作认真负责，不会见死不救。他希望通过这种方式，能够多挽留一天算一天。
肖砚一直无法放下林志远的死，他与林志远是在瑞士上大学时的同学，两人曾一起参加无国界救援，结果林志远为了救别人，却耽误了自己的生命救治。
在肖砚心中，林志远是她的未婚夫，他是一名要求自己完美得像机器一样的医生，她一直保存着林志远生前送给她的那枚戒指。
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林志远讲过的有关“烟巷”的老家印象，是促使肖砚回国去看看的原因。“烟巷”已经物是人非了，林志远的奶奶曾经居住过的这条小巷子，现在被改名为“水井巷”。
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几经打听，肖砚来到这里，在这条巷子里租住下来，去上海桐山医院急诊科工作，与白术有了生活交集，两人从相看两厌到逐渐惺惺相惜，但却最终“心事终虚化”。
白术原本是“心外一把刀”，手术水平相当了得，自信飞扬到自大的地步。
在对陈传书的治疗中，白术劝说病人和家属不要再保守治疗，他保证能够手术成功。
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这位患者的饰演者是游本昌，对，就是那位曾经饰演过“济公”的游本昌。游老师一出场，就引起了观众的回忆，那“鞋儿破帽儿破，一把扇儿破……”的吟唱，还有济公开胃丹的搞笑梗，都是追剧中的经典印象了。
手术确实成功了，陈传书老人却意外去世了，这本与白术无关，是陈传书急于研究书稿所致，但却引起了剧烈的医患矛盾。
江仲景院长为了历练白术，将他从心外科调入急诊科工作。
白术在与肖砚的不断思想碰撞中转变着，思考着，煎熬着，也偶尔感觉幸福着。肖砚那不断坍塌又重建的三观冲击着白术稳定的三观，当然，他也开始转变了。
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肖砚重视患者意见，白术把挽救生命放在首位，两人在工作中磨合并且取长补短。
急诊科主任陆平安知道，肖砚和白术的医术都在他之上，为此三人闹过不少别扭。
江院长与白术是师徒，江仲景把白术当亲儿子看待，传帮带的同时，对白术严格要求，寄予厚望。江院长对肖砚也很认可看好。
江仲景告诉两人，医生的使命是陪着患者一起战胜疾病，一起面对无法改变的命运。医生不但要医术过关，还要学会与病人和家属相处融洽才行。
江仲景早知道自己病了，却觉得不碍事，还能胜任工作，毕竟医院里这一大摊子离不开他。结果，江院长突然晕倒在地，连呼吸都没有了，被手术抢救后才苏醒过来。
白术与江院长师徒情深，在江院长苏醒之前，他在病房里不分昼夜地照看着。徐一然也来帮忙，还考虑到江院长的妻子年龄大了，让她回去休息。
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在病房里，共同陪护江院长时，白术问起了肖砚的心结。肖砚并不隐瞒，讲述了她与林志远的过去。这就是肖砚拒绝白术追求的原因，她暂时无法投入新的感情中去，希望白术能够理解。
萧砚还是决定去瑞士了，她试着放下过去，将脖子上的项链（那枚戒指）摘下，放入抽屉里，将高鸣画的那张漫画合上。
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肖砚收拾好行李，关上房门，告别了“烟巷”，乘车赶往机场。
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陪护在江仲景身边的白术，看到师父苏醒了，很高兴，师徒俩进行一番交心谈话。
江仲景上大学时在西北，这上了年纪之后，就时常会想起当年的美好，总想着退休后再带着妻子一起去看一看，走一走，放松心情，享受生活。这突然在鬼门关前走了一遭，让江仲景想开了，时光不等人啊，愿望需尽早。
江仲景知道白术的心思，徒弟不愿再回心外科，想继续在急诊科待下去，那是肖砚在急诊科工作的缘故。得知肖砚要去国外了，白术打算放弃这段感情，江仲景鼓励徒弟，如果真的喜欢，就继续去追求啊，一天一个视频电话，现在通讯方式这么便捷，距离是阻挡不住爱情的。
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白术去“烟巷”，看不到肖砚的身影，就去了附近两人初次见面时的那家早餐店，要了一份餐饮，却没心情吃。
白术走出这家早餐店，若有所思地过马路，突然听到一声巨响，早餐店发生燃气爆炸事故了。白术赶忙跑去现场，展开救援，结果自己却受了重伤。
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肖砚在赶往机场的出租车上，看到了这场爆炸事故的相关报道，当即改变主意，返回桐山医院，对伤者展开救治。肖砚一直没看到白术，正暗自奇怪。
白术严重脑挫伤，伴蛛网膜下腔出血，被推进医院手术室。
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肖砚看到这一幕，觉得当年林志远来不及救治的场景又出现了。那状况，太令人痛心了。
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当手术室的门在肖砚面前一点点关上时，有一种听天由命、无可奈何的感觉。
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肖砚只能默念，她等白术回来。
大结局了，那一声“肖砚”像是白术的声音，如果白术活下来了，很可能肖砚会从此打开心结。