调节六角恐龙的水位深度，使其感到最舒适，需要综合考虑多个因素，核心目标是模拟它们在自然栖息地中的理想生活环境。首先，水位深度不能太浅，否则六角恐龙容易因暴露在空气中而脱水，尤其是在炎热的天气里。一般来说，水位至少应该没过它们的头部，确保它们随时都能自由呼吸。然而，水位也不宜过深，深度达到它们背鳍中上部即可，大约在15到20厘米左右是比较理想的范围。这样的深度既能让它们在水中自由游动，又能方便地爬到水面上喘气，同时也能有效躲避水生害虫和潜在的天敌。
此外，水体的深度要均匀，避免出现深浅不一的“池塘”或“瀑布”状结构，以免它们为了寻找较浅的地方而过度费力。同时，水底应铺设柔软的沙子或鹅卵石，模拟自然底床，便于它们挖掘和筑巢，这也是它们天性的一部分。保持水质清洁新鲜，定期更换部分水分，并适当引入水生植物，既能提供遮蔽处，也能增加水中的氧气含量，这些都有助于六角恐龙保持舒适和健康。