根据中国劳动法律法规，员工自动离职通常是指员工未经用人单位同意，擅自离开工作岗位的行为。对于这种情况，用人单位是否有权扣发员工的工资，需要根据具体情况来判断。
首先，如果员工自动离职是由于用人单位的过错，例如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，导致员工无法继续工作，那么用人单位不能因此扣发员工的工资。
其次，如果员工自动离职是由于员工自身的过错，例如严重违反了用人单位的规章制度、给用人单位造成了损失等，用人单位可以要求员工承担相应的责任，包括但不限于扣发工资。但是，用人单位在扣除工资时，必须符合法律规定的标准和程序，不能随意克扣员工的工资。
此外，即使员工自动离职，用人单位也应当依法结清员工的工资。如果用人单位无故拒绝支付或者拖延支付工资，可能会面临法律风险。
综上所述，用人单位在员工自动离职的情况下，是否有权扣发工资，需要根据具体情况和法律规定来判断。用人单位在处理此类问题时，应当依法行事，确保自身权益的同时，也保障员工的合法权益。