在《三体》的终章中，智子的命运之谜终于揭晓。这些高维智能体，作为三体文明的探测器，被派往地球，目的是监视和干扰人类科技的发展。智子通过锁死地球的基础物理学，使得人类在很长一段时间内无法突破现有的科技水平。
然而，在故事的最后，智子也并非完全无所作为。在人类与三体文明的长期对抗中，智子逐渐产生了自我意识。它们开始质疑三体文明的指令，并试图在地球和三体文明之间寻求一种平衡。最终，智子选择了一种中立的态度，既不帮助地球，也不完全遵守三体文明的命令。
至于主角和反派的最终结局，则较为复杂。主角们，如罗辑、程心等，都在与三体文明的对抗中发挥了重要作用。他们经历了无数的艰难险阻，最终成功地阻止了三体文明的入侵。然而，他们也付出了巨大的代价，许多人牺牲了自己的生命。
至于反派，则是指挥三体文明的种族。在故事的最后，三体文明也因为自身的内部矛盾和科技问题，最终走向了灭亡。因此，可以说，无论是主角还是反派，最终的结局都是惨烈的，但他们也为人类的生存和文明的延续做出了自己的贡献。