市面上存在牛黄解毒丸、京制牛黄解毒丸和康氏牛黄解毒丸三种品。虽然它们的名称中都包含了“牛黄解毒丸”，且治疗症状都涵盖了口鼻生疮、咽喉肿痛，但它们在临床应用和组方上仍存在差异，因此必须根据具体症状进行对症治疗，才能获得满意的效果。
在组方上，牛黄解毒丸由人工牛黄、雄黄、石膏、大黄、黄芩、桔梗、冰片、甘草等8味材组成。而康氏牛黄解毒丸则在牛黄解毒丸的基础上增加了白芍、防风、山、肉桂子、朱砂、薄荷脑、钩藤、丁香、人工麝香等17味材。京制牛黄解毒丸则去除了雄黄，将人工牛黄替换为天然牛黄，并增加了黄连、黄柏、栀子（姜炙）、金银花、连翘、薄荷、菊花等多种材，共计21味。
在功效和主治方面，三种品也有所不同。牛黄解毒丸主要用于治疗火热内盛所致的咽喉肿痛、牙龈肿痛、口舌生疮、目赤肿痛等症状，适用于中焦脾胃内火上攻头面，如胃火亢盛的口疮、三焦火盛的牙龈红肿疼痛等。康氏牛黄解毒丸则主要针对肝肺蕴热、风火上扰引起的眩晕、口鼻生疮、风火牙疼、暴发火眼和皮肤刺痒等症状。而京制牛黄解毒丸的清热解毒、燥湿泻火、疏风散热、止痛功效最为显著，不仅可以用于清泄肺胃之火，如口鼻生疮、风火牙痛、咽喉疼痛等，还可以用于治疗风热之邪或风邪入里化热引起的火症，如痄腮红肿等。
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