爱新觉罗·永琪，作为乾隆皇帝的第三子，确实有子女，但关于他们的去向，需要澄清几点。永琪共有两子三女，但其中一些子女早夭，并未留下后嗣。存活下来的子女中，他的长子爱新觉罗·永璘过继给了永璋，成为永璋的嗣子。而永琪的次子爱新觉罗·永琰，即后来的嘉庆帝，继承了皇位，他的子女自然也就成为了皇子，但具体的去向和生平则相对较为模糊。
至于永琪的女儿们，她们大多在成年后嫁给了当时的蒙古亲王或其他贵族，成为了他们的妻室。这些女儿们的具体去向和命运，由于历史记载的限制，并不十分清晰，但可以推测她们在婚后大多生活在蒙古或京城的贵族家庭中，享受着贵族的生活。
总的来说，爱新觉罗·永琪的子女们大多在成年后通过过继、继承或婚姻等方式，融入了当时的贵族社会，但具体的去向和生平则因历史记载的限制而不得而知。