蝴蝶君，本名陈蝶衣，在《孽海花》这部小说中，他的性别认知混淆源于他独特的成长环境和深刻的文化背景。首先，陈蝶衣自幼父母双亡，被养父陈季常抚养长大，养父对他极为宠爱，甚至到了过度保护的地步。这种环境中，陈蝶衣从未经历过男性角色应有的社会化和性别认同过程，他的世界基本上是由女性主导的。
其次，陈蝶衣的养母陈夫人对他进行了严格的女性化教育，希望他成为一位温文尔雅的大家闺秀。这种教育方式使得陈蝶衣在心理上完全认同了自己的女性身份，甚至对自己的男性身体产生了排斥。他习惯了女性化的生活方式，穿着女性的服装，使用女性的化妆品，这一切都加深了他对女性身份的认同。
再者，陈蝶衣在情感上也经历了一系列的困扰。他与袁季修的爱情故事充满了悲剧色彩，他深爱着袁季修，却无法接受袁季修对他的性别认知。这种情感上的困扰使得陈蝶衣更加迷失了自己的性别认同，他甚至开始怀疑自己的性别。
最后，陈蝶衣的性取向问题也加剧了他的性别认知混淆。他对自己男性的身体感到陌生和排斥，甚至产生了自我厌恶的情绪。这种心理状态使得他无法正确地认知自己的性别，最终导致了他的悲剧结局。
综上所述，蝴蝶君之所以没有察觉自己是男人，是由于他的成长环境、文化背景、教育方式以及情感经历等多重因素的影响，导致他在心理上完全认同了自己的女性身份，对自己的男性身体产生了排斥和自我厌恶的情绪。