原核生物和原生生物是生命界中两个截然不同的类别，它们在结构、遗传、代谢和生态等方面存在显著差异。
首先，从结构上看，原核生物（如细菌和蓝藻）是单细胞生物，没有细胞核和其他膜包被的细胞器。它们的遗传物质直接位于细胞质中的拟核区，没有染色体。而原生生物（如草履虫、变形虫等）则更为复杂，它们可以是单细胞的，也可以是多细胞的，具有真正的细胞核和多种膜包被的细胞器，如线粒体、叶绿体等，这使得它们在功能上更加多样化。
其次，在遗传方面，原核生物的基因组相对简单，通常只有一个环状染色体，且缺乏组蛋白等包装蛋白。它们的遗传变异主要通过基因突变和水平基因转移等方式发生。原生生物则拥有更复杂的基因组，包括多个线性染色体，且具有组蛋白和其他染色体结构蛋白，能够进行更为复杂的遗传调控。
再次，在代谢方面，原核生物的代谢途径相对简单，但具有很高的代谢多样性，如光合作用、硝化作用等。原生生物则具有更为复杂的代谢方式，包括光合作用、异养作用等，甚至有些原生生物还能进行化能合成。
最后，在生态方面，原核生物广泛分布于各种环境中，从极地到沙漠，从深海到土壤，都能找到它们的身影。原生生物则更多地生活在淡水、海洋和湿润土壤等环境中，有些还能与其他生物形成共生关系。
总之，原核生物和原生生物在多个方面存在显著差异，这些差异反映了它们在进化历程中不同的适应策略和生命历程。