关于果蝇的“神秘起源”，即它们为何看似突然出现并迅速繁盛，科学界普遍认为这主要归因于它们强大的适应能力和高效的繁殖策略，而非字面意义上的“凭空蹦出”。从进化生物学角度看，果蝇（如常见的黑腹果蝇 Drosophila melanogaster）并非独立起源，而是经历了漫长的进化过程。它们属于双翅目昆虫，其祖先可能源于更古老的昆虫类群。
果蝇的“突然”出现，更准确地说是它们在特定环境条件下实现了快速扩张和适应。大约在1亿年前，随着植物的繁盛，产生了大量的水果和发酵食品，为果蝇提供了丰富的食源和繁殖场所。果蝇具有极快的生命周期（通常只需一周左右），能够产生大量后代，这使得它们能够迅速适应环境变化，并通过巨大的种群数量维持基因多样性，有效应对选择压力。
此外，果蝇体型微小、分布广泛，几乎遍布全球，这进一步增强了它们的生存能力。它们对人类活动环境的适应能力极强，尤其偏好储存的水果和有机废弃物。这些因素共同作用，使得果蝇在相对较短的时间尺度（地质或进化尺度）内成为极其成功和常见的物种，看似“突然出现”，实则是在特定生态位上经过长期进化、适应并最终爆发式繁衍的结果。